Bagaimana Perlakuan PPN atas Penyerahan Pupuk Bersubsidi?

Pupuk bersubsidi merupakan instrumen penting dalam mendukung ketahanan pangan nasional. Melalui subsidi, pemerintah berupaya memastikan ketersediaan dan keterjangkauan pupuk bagi petani, sehingga proses produksi pertanian dapat berlangsung secara optimal. Ketentuan ini diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 66/PMK.03/2022 (PMK 66/2022) s.t.d.t.d. Peraturan Menteri Keuangan Nomor 11 Tahun 2025 (PMK 11/2025). Aturan ini disusun untuk menjamin rasa keadilan dan memberikan kepastian hukum dalam pelaksanaan hak dan pemenuhan kewajiban perpajakan bagi pengusaha kena pajak (PKP) yang melakukan penyerahan pupuk bersubsidi untuk sektor pertanian.

Perlakuan PPN atas Penyerahan Pupuk Bersubsidi

Berdasarkan Pasal 1 angka 3 PMK 66/2022, pupuk bersubsidi adalah barang dalam pengawasan yang pengadaan dan penyalurannya mendapat subsidi dari pemerintah untuk kebutuhan petani di sektor pertanian. Pasal 2 PMK 66/2022 mengatur bahwa penyerahan pupuk bersubsidi oleh PKP dikenai PPN. Pemungutan PPN atas pupuk bersubsidi berlaku ketentuan sebagai berikut:

1. atas bagian harga yang mendapatkan subsidi, PPN dibayar oleh pemerintah; dan
2. atas bagian harga yang tidak mendapatkan subsidi, PPN dibayar oleh pembeli.

Sesuai dengan ketentuan pada Pasal 7 PMK 66/2022, PPN atas penyerahan pupuk bersubsidi dipungut 1 kali oleh produsen pada saat penyerahan pupuk bersubsidi kepada distributor. Sementara itu, atas penyerahan pupuk bersubsidi yang telah dipungut PPN oleh produsen dari distributor kepada pengecer atau dari pengecer kepada kelompok tani dan/atau petani, distributor atau pengecer tidak memungut dan menyetor PPN.

Pasal 7 ayat (5) PMK 66/2022 juga menjelaskan dalam hal distributor atau pengecer:

1. juga menyerahkan BKP lainnya dan/atau JKP; dan
2. memiliki jumlah penyerahan pupuk bersubsidi dan penyerahan BKP lainnya dan/atau JKP yang melebihi batasan pengusaha kecil,

distributor atau pengecer wajib melaporkan usahanya untuk dikukuhkan sebagai PKP, dan memungut, menyetor, serta melaporkan PPN terutang atas penyerahan BKP lainnya dan/atau JKP. Penyerahan pupuk bersubsidi dilaporkan dalam SPT Masa PPN pada kolom penyerahan tidak terutang PPN. Lebih lanjut, jika distributor atau pengecer yang dalam usahanya hanya melakukan penyerahan pupuk bersubsidi, wajib pajak tidak perlu dikukuhkan sebagai PKP.

DPP Nilai Lain dan Besaran Tertentu PPN atas Penyerahan Pupuk Bersubsidi

Berdasarkan Pasal 10 PMK 11/2025, PPN yang terutang atas penyerahan pupuk bersubsidi dihitung dengan mengalikan tarif PPN dengan DPP. Adapun DPP untuk menghitung PPN terutang atas penyerahan pupuk bersubsidi menggunakan nilai lain yang merupakan bagian harga pupuk yang mendapatkan subsidi.

Nilai lain bagian harga pupuk bersubsidi yang mendapatkan subsidi dihitung dengan formula:

Adapun koefisien t merupakan angka pada tarif PPN yang berlaku yakni 12%. Dalam hal ini, nilai lain berdasarkan pembulatan pada ketentuan mendapatkan subsidi yakni sebesar 0,825 dari jumlah pembayaran subsidi termasuk PPN.

Sementara itu, nilai lain atas bagian harga pupuk bersubsidi yang tidak mendapat subsidi dapat dihitung dengan formula:

Dalam hal ini, nilai lain berdasarkan pembulatan yang bagian harga pupuk tidak mendapat subsidi yakni sebesar 0,825 dari dari harga eceran tertinggi (HET). Adapun HET dalam ketentuan ini merupakan harga pupuk bersubsidi yang diatur oleh menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pertanian yang diperuntukkan untuk dibeli oleh petani atau kelompok tani secara tunai dalam kemasan tertentu di penyalur lini IV sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perdagangan.

Ketentuan Faktur Pajak atas Penyerahan Pupuk Bersubsidi

Mengacu pada Pasal 6 PMK 66/2022, dalam hal PPN yang terutang atas penyerahan pupuk bersubsidi dibuat faktur pajak pada saat:

1. produsen mengajukan permintaan pembayaran subsidi pupuk bersubsidi kepada KPA; dan
2. produsen menyerahkan pupuk bersubsidi kepada distributor atau pada saat pembayaran dalam hal pembayaran dilakukan mendahului penyerahan.

Adapun produsen membuat dua faktur pajak, yaitu:

• ketika produsen mengajukan permintaan pembayaran subsidi pupuk bersubsidi kepada KPA dengan kode faktur pajak 02, dan
• ketika produsen menyerahkan pupuk bersubsidi kepada distributor dengan kode faktur pajak 04.

Lebih lanjut, dalam ketentuan ini juga dijelaskan bahwa Pajak Masukan atas perolehan BKP dan/atau JKP, impor BKP, serta pemanfaatan BKP tidak berwujud dan/atau pemanfaatan JKP dari luar daerah pabean di dalam daerah pabean sehubungan dengan penyerahan pupuk bersubsidi yang dilakukan oleh produsen, dapat dikreditkan sepanjang memenuhi ketentuan pengkreditan pajak masukan. Sementara itu, pajak masukan atas penyerahan pupuk bersubsidi yang dilakukan oleh distributor dan pengecer tidak dapat dikreditkan.

Ilustrasi Kasus

Pada tanggal 18 Mei 2025, PT Pupuk Indonesia (Persero) sebagai produsen pupuk bersubsidi mengajukan permintaan pembayaran subsidi kepada KPA sebesar Rp90.000.000.000 atas penyerahan pupuk bersubsidi yang telah dilakukan selama bulan April 2025. Tarif PPN yang berlaku adalah sebesar 12 %. Pada tanggaI 19 April 2025, PT Pupuk Indonesia sebagai produsen pupuk bersubsidi menyerahkan 5.500 ton pupuk Urea (bersubsidi) kepada distributor. Harga eceran tertinggi (HET) pupuk urea yang berlaku sebesar Rp2.250 per kilogram.

Selain itu, dalam melaksanakan kegiatan usahanya, PT Pupuk Indonesia menjual pupuk yang sudah di dalam kemasan. Oleh karena itu, PT Pupuk Indonesia membeli kemasan pupuk tersebut kepada PT Nusantara Packing sebesar Rp150.000.000 dan atas pembelian tersebut terutang PPN senilai Rp16.500.000.

Penghitungan PPN atas kasus di atas adalah sebagai berikut.

Kasus 1
Permintaan Pembayaran Subsidi sebesar Rp90.000.000.000
Dasar Pengenaan Pajak = 0,825 × Rp90.000.000.000 = Rp74.250.000.000
PPN terutang = 12% × Rp74.250.000.000 = Rp8.910.000.000
PPN terutang atas bagian harga pupuk bersubsidi yang mendapat subsidi adalah Rp8.910.000.000.

Kasus 2
Penyerahan 5.500 ton pupuk urea pada 19 April 2025
HET pupuk urea = Rp2.250/kg
Jumlah pupuk diserahkan = 5.500 ton = 5.500.000 kg
Total HET = 5.500.000 kg × Rp2.250 = Rp12.375.000.000
Dasar Pengenaan Pajak = 0,825 × Rp12.375.000.000 = Rp10.221.875.000
PPN terutang = 12% × Rp10.221.875.000 = Rp1.226.625.000
PPN terutang atas bagian harga pupuk bersubsidi yang tidak mendapat subsidi adalah Rp1.226.625.000.

Kasus 3
Dalam kasus ini, PPN yang telah dipungut PT Nusantara Packing atas pembelian bahan kemasan oleh PT Pupuk Indonesia senilai Rp16.500.000 merupakan Pajak Masukan yang dapat dikreditkan.