Dalam praktiknya tidak jarang Wajib Pajak melakukan berbagai jenis kegiatan usahanya sehingga memperoleh penghasilan yang dikenaik pajak yang bersifat final, tidak final, maupun bukan objek pajak. Wajib Pajak dengan kondisi demikian perlu melakukan pemisahan biaya yang dikeluarkan untuk memperoleh penghasilan tersebut. Pemisahan biaya tersebut juga perlu dilakukan dalam hal perusahaan memperoleh penghasilan yang mendapatkan fasilitas perpajakan. Dalam melakukan pemisahan, wajib pajak dapat mengalami kesulitan untuk mengkategorikan mana biaya yang dikeluarkan untuk memperoleh penghasilan final, tidak final maupun bukan objek termasuk penghasilan yang mendapatkan fasilitas perpajakan. Hal tersebut terjadi karena biaya tersebut memang dikeluarkan dalam rangka mendapatkan seluruh penghasilan sebagaimana dimaksud di atas. Biaya yang dikeluarkan dalam rangka mendapatkan seluruh penghasilan baik yang bersifat final, tidak final maupun bukan objek termasuk penghasilan yang mendapatkan fasilitas dikenal dengan biaya bersama atau Joint Cost.
Wajib Pajak Badan yang menjalankan usaha sesuai kondisi di atas, maka Wajib Pajak tersebut wajib melakukan pembukuan secara terpisah serta melakukan alokasi proporsi biaya dalam rangka menghitung Penghasilan Kena Pajak. Hal ini ditegaskan dalam Pasal 27 Peraturan Pemerintah (PP) 94 Tahun 2010 bahwa:
“(1) Wajib Pajak harus menyelenggarakan pembukuan secara terpisah dalam hal:
- memiliki usaha yang penghasilannya dikenai Pajak Penghasilan yang bersifat final dan tidak final;
- menerima atau memperoleh penghasilan yang merupakan objek pajak dan bukan objek pajak; atau
- mendapatkan dan tidak mendapatkan fasilitas perpajakan sebagaimana diatur dalam Pasal 31A Undang-Undang Pajak Penghasilan.
(2) Biaya bersama bagi Wajib Pajak yang memiliki usaha yang penghasilannya dikenai PPh Final dan PPh Tidak Final yang tidak dapat dipisahkan dalam rangka penghitungan besarnya Penghasilan Kena Pajak, pembebanannya dialokasikan secara proporsional.”
Pembukuan secara terpisah merupakan proses pencatatan yang dilakukan secara teratur dengan melakukan pemisahan pencatatan untuk setiap transaksi, penghasilan, dan biaya-biaya antara kegiatan usaha yang dikenai Pajak Penghasilan dengan tarif sebagaimana dimaksud dalam Pasal 17 Undang-Undang Pajak Penghasilan dengan kegiatan usaha yang dikenai Pajak Penghasilan yang bersifat final maupun atas penerimaan penghasilan bruto yang merupakan objek pajak dan yang bukan merupakan objek pajak, serta penghasilan dan biaya-biaya dari usaha yang tidak mendapatkan fasilitas perpajakan dan yang mendapatkan fasilitas perpajakan sebagaimana diatur dalam Pasal 31A Undang-Undang Pajak Penghasilan.
