Pada proses akhir pemeriksaan pajak, pemeriksa pajak juga berhak melakukan pemeriksaan ulang. Pemeriksaan ulang tetap dapat dilakukan jika terdapat indikasi yang kuat adanya tindak pidana di bidang perpajakan atau karena ada data baru atau data yang semula belum terungkap, atau hal-hal lain yang dianggap perlu oleh Direktur Jenderal Pajak (DJP) walaupun untuk tahun pajak yang sama terhadap Wajib Pajak tersebut telah dilakukan pemeriksaan yang meliputi seluruh jenis pajak yang menjadi kewajibannya.
Perlu diketahui bahwa pemeriksaan ulang hanya dapat dilakukan berdasarkan instruksi atau persetujuan DJP. Bila hasil pemeriksaan ulang mengakibatkan adanya tambahan atas jumlah pajak yang telah ditetapkan dalam surat ketetapan pajak sebelumnya, DJP akan menerbitkan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Tambahan.
Apabila hasil pemeriksaan ulang tersebut tidak mengakibatkan adanya tambahan atas jumlah pajak yang telah ditetapkan dalam surat ketetapan pajak sebelumnya, pemeriksaan ulang dapat dihentikan dengan membuat LHP Sumir dan wajib menginformasikan kepada Wajib Pajak atas penghentian pemeriksaan tersebut.
Lain hal nya bila pemeriksaan ulang tidak mengakibatkan adanya tambahan atas jumlah pajak yang telah ditetapkan dalam surat ketetapan pajak sebelumnya tetapi terdapat perubahan jumlah rugi fiskal, DJP dapat menerbitkan keputusan mengenai rugi fiskal. Berikut ini contoh surat keputusan penetapan rugi fiskal berdasarkan pemeriksaan ulang:
Keputusan mengenai rugi fiskal ini digunakan sebagai dasar untuk memperhitungkan rugi fiskal ke tahun pajak berikutnya.
