Dalam rangka pengisian SPT Tahunan PPh Badan, Wajib Pajak diwajibkan untuk mengisi, menandatangani dan melampirkan Lampiran Khusus 3A jika terdapat transaksi dalam hubungan istimewa (transaksi afiliasi). Adapun hubungan istimewa ini dapat terjadi karena ketergantungan atau keterikatan satu dengan yang lain yang disebabkan karena:1.   Kepemilikan atau penyertaan modal
Hubungan istimewa dianggap ada apabila terdapat hubungan kepemilikan yang berupa penyertaan modal sebesar 25% (dua puluh lima persen) atau lebih secara langsung ataupun tidak langsung.
2.   Adanya penguasaan melalui manajemen atau penggunaan teknologi.
Hubungan istimewa di antara Wajib Pajak dapat juga terjadi karena penguasaan melalui manajemen atau penggunaan teknologi, walaupun tidak terdapat hubungan kepemilikan. Hubungan istimewa dianggap ada apabila satu atau lebih perusahaan berada di bawah penguasaan yang sama. Demikian juga hubungan di antara beberapa perusahaan yang berada dalam penguasaan yang sama tersebut.
Salah satu hal yang cukup krusial dalam pengisian Lampiran Khusus 3A adalah pengisian metode penetapan harga (metode Transfer Pricing) dan alasannya. Menurut Undang-Undang Pajak Penghasilan, jenis metode Transfer Pricing yang dapat dipilih dalam rangka penerapan prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (Arm’s length principle/ALP) dalam transaksi afiliasi adalah sebagai berikut :
- Metode Perbandingan Harga antara Pihak yang tidak mempunyai Hubungan Istimewa (Comparable Uncontrolled Price/CUP);
- Metode Harga Penjualan Kembali (Resale Price Method/RPM);
- Metode Biaya-Plus (Cost Plus Method);
- Metode Pembagian Laba (Profit Split Method/PSM); atau
- Metode Laba Bersih Transaksional (Transactional Net Margin Method/TNMM).
Berdasarkan Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER – 32/PJ/2011 bahwa dalam rangka menentukan metode Transfer Pricing yang paling sesuai (The Most Appropiate Method), Wajib Pajak wajib memperhatikan hal-hal sebagai berikut:
- kelebihan dan kekurangan setiap metode,
- kesesuaian metode Transfer Pricing dengan sifat dasar transaksi antar pihak afiliasi, yang ditentukan berdasarkan analisis fungsional,
- ketersediaan informasi yang handal (sehubungan dengan transaksi afiliasi) untuk menerapkan metode yang dipilih dan/atau metode lain,
- tingkat kesebandingan antara transaksi afiliasi dengan transaksi independen, termasuk kehandalan penyesuaian yang dilakukan untuk menghilangkan pengaruh yang material dari perbedaan yang ada.
Terakhir bagi Wajib Pajak yang memiliki kewajiban untuk menyediakan Dokumen Lokal sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 213/PMK.03/2016, seyogyanya pengisian metode Transfer Pricing beserta alasannya pada Lampiran 3A sama dengan apa yang dimuat pada Dokumen Lokal yang telah disediakan agar tidak menimbulkan dispute di kemudian hari.
