Pemeriksaan adalah serangkaian kegiatan menghimpun dan mengolah data, keterangan, dan/atau bukti yang dilaksanakan secara objektif dan profesional berdasarkan suatu standar pemeriksaan. Pemeriksaan dilakukan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan. Selain itu, pemeriksaan juga dilakukan untuk tujuan lain dalam rangka melaksanakan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan.
Hasil pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan harus diberitahukan kepada Wajib Pajak melalui penyampaian Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP). SPHP adalah surat yang berisi tentang temuan pemeriksaan yang meliputi pos-pos yang dikoreksi, nilai koreksi, dasar koreksi, perhitungan sementara dari jumlah pokok pajak terutang dan perhitungan sementara dari sanksi administrasi. Dari SPHP, akan diterbitkan surat ketetapan pajak kepada Wajib Pajak.
Surat ketetapan pajak dari hasil pemeriksaan yang dilakukan tanpa penyampaian SPHP dan Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan ini dapat dibatalkan. Ditegaskan pada Pasal 60 PMK 17/PMK.03/2013 jo PMK 184/PMK.03/2013, surat ketetapan pajak dari hasil pemeriksaan yang dilaksanakan tanpa:
- penyampaian SPHP; atau
- Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan
dapat dibatalkan secara jabatan atau berdasarkan permohonan Wajib Pajak oleh Direktur Jenderal Pajak sebagaimana dimaksud dalam Pasal 36 ayat (1) huruf d Undang-Undang KUP.
Jika dilakukan pembatalan, proses pemeriksaan harus dilanjutkan dengan melaksanakan prosedur penyampaian SPHP dan/atau Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan. Apabila pemeriksaan berkaitan dengan permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak yang dalam Pasal 17B ayat (1) Undang-Undang KUP, pemeriksaan dapat dilanjutkan dengan penerbitan:
- surat ketetapan pajak sesuai dengan Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan apabila jangka waktu 12 bulan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 17B ayat (1) Undang-Undang KUP belum terlewati; atau
- Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar sesuai dengan Surat Pemberitahuan apabila jangka waktu 12 bulan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 17B ayat (1) Undang- Undang KUP terlewati.
Perlu diperhatikan kembali, pada saat melanjutkan pemeriksaan namun susunan keanggotaan tim pemeriksa pajak berbeda dengan susunan keanggotaan tim pemeriksa pajak sebelumnya, pemeriksaan tersebut hanya boleh dilakukan setelah diterbitkan surat yang berisi perubahan tim pemeriksa pajak.
Selain itu, pembatalan surat ketetapan pajak sebagai hasil pemeriksaan yang tidak sesuai prosedur dapat dilakukan dengan mengajukan gugatan ke Pengadilan Pajak. Hal tersebut diatur pada Pasal 23 ayat (2) huruf d UU KUP.