Dalam PMK-231 disebutkan bahwa Direktur Jenderal Pajak (Dirjen Pajak) secara jabatan dapat menghapus NPWP bendahara pemerintah dan mencabut pengukuhan Pengusaha Kena Pajak atas bendahara penerimaan, Penghapusan NPWP dan/atau pencabutan pengukuhan PKP tersebut dilakukan terhadap Instansi Pemerintah yang sudah tidak memenuhi persyaratan sebagai pemotong dan/atau pemungut pajak sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan. Adapun penghapusan NPWP dilaksanakan terhadap Instansi Pemerintah yang dilikuidasi karena mengalami kondisi sebagai berikut:
- tidak lagi beroperasi sebagai Instansi Pemerintah;
- pembubaran Instansi Pemerintah yang disebabkan karena penggabungan Instansi Pemerintah;
- tidak mendapat alokasi anggaran pada tahun anggaran berikutnya; atau
- tidak lagi beroperasi yang diakibatkan oleh sebab lain.
Kemudian, pencabutan pengukuhan PKP dilaksanakan terhadap Instansi Pemerintah yang tidak lagi memenuhi kriteria sebagai PKP.
Setelah melakukan penghapusan NPWP dan/atau pencabutan pengukuhan PKP, selanjutnya Dirjen Pajak secara jabatan menerbitkan NPWP baru untuk seluruh instansi pemerintah serta mengukuhkan PKP bagi instansi pemerintah yang bendahara penerimaannya sebelumnya telah dikukuhkan PKP. Kemudian, setelah menerima NPWP baru seluruh instansi pemerintah melakukan penyampaian perubahan data ke KPP tempat instansi terdaftar, dan mengajukan permohonan sertifikat elektronik dan aktivasi akun PKP bagi instansi yang telah dikukuhkan sebagai PKP.