Pajak atas komisi/mark up harga

Dear All,

Jika
PT A = Forwarder
PT B = Customer.

Nah, orang dari PT A menunjuk PT B utk clearance import. dan orang tsb meminta agar harga di markup sbg komisi.

Contoh, total jasa yang seharusnya dibayarkan oleh PT A = 25jt exclude PPn dan PPh
Tetapi orang PT B meminta invoice dibuat menjadi 28jt exclude PPn dan PPh
dan selisih dpp 3jt tsb utk orang PT B sebagai komisi

Pertanyaan saya, apakah hal itu diperbolehkan dalam perpajakan ?
Jika ya, apakah ada perhitungan pajaknya utk 3 jt ?
misalnya orang tersebut punya NPWP dan tidak mohon dibantu ilustrasi perhitungannya menurut peraturan perpajakan yang berlaku.
lalu untuk PT A , 3 jt nya itu dianggap sebagai biaya apa biasanya?

Terima kasih